El Instituto de Biociências (IB) fue creado en 1969 a partir de la división de la Facultad de Filosofía, Ciencias y Letras de la USP. Inicialmente estaba formada por los Departamentos de Biología General, Zoología, Botánica y Fisiología General, que substituyeron al sistema reinante de la época de Cátedras académicas vitalicias.

En 1970, después de publicadas las directrices para la Reforma Universitaria, fue implantado el sistema de Posgrado en el pais. En la USP, la reforma universitaria tenía como objetivo dinamizar la enseñanza expandiéndola a las dimensiones culturales, introduciendo una nueva estructura organizacional, curricular y política. Fue en ese ambiente que surgieron los cuatro primeros programas de posgrado del IB: Biología/Genética, Botánica, Fisiología General y Zoología.

A lo largo de su existencia, los Coordinadores del Programa del PG en Zoología fueron Claudio Gilberto Froehlich (1970-1972), Gilberto Righi (1972-1978), Tagea K. S. Björnberg (1978-1980), Walter Narchi (1980-1981), Sérgio de Almeida Rodrigues (1981-1983), Liliana Forneris (1983-1987), Erika Schlenz (1987-2000), Fábio Lang da Silveira (2000-2003), Pedro Gnaspini Netto (2003-2007), Antonio Carlos Marques (2007-2010), Marcelo Rodrigues de Carvalho (2010-2016), Fernando Portella de Luna Marques (2016-2018), Daniel José Galafasse Lahr (2018-2021), José Eduardo Amoroso Rodriguez Marian (actual).

El Programa de PG en Zoologia fue, por mucho tiempo, el único Curso Doctoral acreditado en el país y, por eso, su influencia en la diseminación del conocimiento zoológico brasileño es incalculable.